Dentro da restauração florestal, o Programa utiliza da metodologia de Sistemas Agroflorestais - SAFs, utilizando espécies florestais nativas e por meio de plantios adensados para restauração de Áreas de Preservação Permanente - APP com alta diversidade de espécies.
Nesse contexto, no SAF realizamos o plantio de espécies florestais de interesse ecológico e econômico aliado ao plantio de espécies agrícolas, como o cacau (Theobroma cacao).
As espécies florestais nativas escolhidas para os plantios são frutíferas: Spondias venulosa (cajá); Euterpe edulis (juçara); Pouteria sp. (abiu negro); Lecythis pisonis (sapucaia); madeireiras: Centrolobium spp (putumuju), Dalbergia nigra (jacarandá da bahia); Plathymenia reticulata (vinhático); Aspidosperma pyricollum (peroba amarela); condimentares: Schinus terebinthifolia (aroeira-pimenteira); Xylopia frutescens (pimenta de macaco), extrativos: Protium heptáphyllum (amescla); Carpotroche brasiliensis (sapucainha) e melíferas: Tapirira guianensis (pau-pombo).
Na outra metodologia para a restauração florestal, realizamos os plantios em área total, em locais com pouca ou nenhuma vegetação, nestas áreas ocorrem o estabelecimento do stand inicial de espécies de recobrimento, onde 2/3 são mudas de espécies pioneiras e secundárias iniciais que apresentam crescimento inicial rápido, como: Joannesia princeps (boleira); Sparattosperma leucanthum (cinco folhas); Psidium guineense (Araçá); Byrsonima sericea (murici); Inga edulis (ingá de metro) e Cecropia pachystachya (embaúba), 1/3 são mudas de espécies nativas climácicas ou secundárias tardias, como: Parkia pendula (Juerana); Hymenaea courbaril (Jatobá); Brosimum rubescens (Conduru); Pouteria butyrocarpa (cupã); Cariniana legalis (jequitibá); Arapatiella psilophylla (arapati).
